Việc giao hàng cho các đơn vị ngoài tuyến đầu được bắt đầu từ tháng 8 năm 1942 và chiếc máy bay thậm chí còn ít được các phi công ưa chuộng. Việc sản xuất bị ngưng lại vào cuối tháng đó, lúc mới chỉ có 90 chiếc máy bay được giao. Phần còn lại gồm 320 khung máy bay đã hoàn tất một phần được chứa trong khi. Chúng được thay thế bởi kiểu máy bay Bf 110 lúc đó được sản xuất trở lại. Cho dù bây giờ chiếc Bf 110 được trang bị động cơ mới DB 605B và hỏa lực mạnh hơn, nó vẫn là một thiết kế đã lạc hậu.

Không quân Đức bắt đầu nhận được những chiếc máy bay do Hungary chế tạo từ tháng 4 năm 1943, nhưng phía Hungary đã không nhận được chiếc máy bay nào cho đến tận năm 1944; tuy nhiên, khi được đưa vào hoạt động chúng đã làm hài lòng. Việc sản xuất chấm dứt vào tháng 3 năm 1944, khi xưởng sản xuất chuyển sang chế tạo phiên bản G chiếc Messerschmitt Bf 109. Tính đến lúc đó, có tổng cộng 267 chiếc Me 210C được chế tạo, 108 chiếc trong số đó được giao cho Không quân Đức. Phần lớn những máy bay này tham gia hoạt động tại Tunisia và Sardinia, nhưng chúng được nhanh chóng thay thế bởi kiểu máy bay Me 410.